Alexander Prenninger ist wissenschaftlicher Mitarbeiter (Senior Researcher) am Ludwig Boltzmann Institute for Digital History (LBIDH), Lektor am Global Education Center Salzburg des American Institute for Foreign Study (AIFS) und Vorstandsmitglied von b.a.s.e. – Büro für angewandte Sozialforschung und Entwicklung, Salzburg.

Er studierte Geschichte und Französisch an den Universitäten Salzburg und Reims und promovierte in Geschichte an der Universität Wien mit einer 2018 abgeschlossenen Dissertation zu den Evakuierungstransporten in der Endphase des nationalsozialistischen KZ-Systems.
1995–2017 war er freier Mitarbeiter am Ludwig Boltzmann Institut für Historische Sozialwissenschaft (LBIHS), Wien–Salzburg, 2000–2002 Mitarbeiter der Österreichischen Historikerkommission, 2006–2009 Projektmitarbeiter am Fachbereich Geschichte der Universität Salzburg und 2007–2012 Koordinator des „Mauthausen Survivors Research Project“ (MSRP).

2015–2017 war er Key Researcher in einem am Ludwig Boltzmann Institut für Historische Sozialwissenschaft (LBIHS) begonnenen und am Ludwig Boltzmann Institut für Geschichte und Gesellschaft (LBIGG) abgeschlossenen Projekt zur Lagergesellschaft des KZ Mauthausen („„Kriminelle“ und „asoziale“ Häftlinge in der Lagergesellschaft des KZ Mauthausen (1938-1945)“).

Am Ludwig Boltzmann Institut für Geschichte und Gesellschaft (LBIGG), das im März 2019 in Ludwig Boltzmann Institute for Digital History (LBIDH) umbenannt wurde, war er wissenschaftlicher Mitarbeiter des Projekts „Visual History of the Holocaust: Rethinking Curation in the Digital Age“ (2019–2022, EU Horizon 2020), an dessen Nachträgen er bis 2025 weiterarbeitete. Darüber hinaus arbeitete er an der redaktionellen Fertigstellung der Publikationsreihe zum „Mauthausen Survivors Research Project“ (MSRP) und an der Vorbereitung eines neuen Forschungsprojekts zur automatischen Auswertung von Oral History-Interviews.

Seine Forschungsschwerpunkte liegen in der Geschichte der nationalsozialistischen Konzentrationslager, insbesondere des Konzentrationslagerkomplexes Mauthausen, bei Deportationen und Evakuierungstransporten, in der Oral History von KZ-Überlebenden und in der Erinnerungsforschung. Zu seinen methodischen Interessen zählen quantitative historische Methoden, historische Netzwerkanalyse, sowie die Anwendung KI-gestützter Methoden auf mehrsprachige Oral-History-Sammlungen.